《魔界战记3》的游戏舞台是魔界学园“魔立邪恶学园”，主人公是在学园就读的魔王的儿子“玛奥”，故事讲述玛奥作为勇者打倒父亲的艰辛过程。专门培养恶魔的“魔立邪恶学园”评判学生优差的标准就是学生的邪恶程度，而做事与恶魔身份相差甚远的学生则被视为差等生。我们的主人公就是学院的一位优等生，可谓是坏事做尽。然而，突然有一天玛奥决定要打倒自己的父亲，并宣布——“我从今天开始要作勇者！”。