游戏虽然发生在古代，不过系列中的知名角色也会以全新的样貌登场。其中包括主人公桐生一马之介（系列前两部作品的主人公名为桐生一马），也就是宫本武藏，和迷之少女遥。
序章情节：
金钱比刀剑更有用的祗園色町。作为其象征的第一大风俗街。在祗園大摇大摆的妓女们。走在中间的就是鹤屋的头牌吉野太夫，女人们憧憬他，才去光临鹤屋，也不管其中是否有诈......吉野去拜访终日昏昏饿饿的桐生，但好像从一开始就认识他。
假扮吉野拜访龍屋......少女名叫遥，为了报仇拜托桐生刺杀宮本武蔵却被能否支付报酬而被拒绝。此时，遥对前来拜访的妓女表示想要把自己卖给妓院的想法，其坚强的意志着实另桐生震惊。命运的齿轮此时已经缓缓转动.....
