《合金装备ONLINE β版》与《合金装备 生存》中的《合金装备ONLINE(METAL GEAR ONLINE)》最大的不同点就在于，本作采用了全新的系统“SOP环系统”。这是将同伴之间相互注入体内的毫微级计算机(Nanomachine，与细胞同样大小的机械，《MGS4》中存在通过毫微级计算机来控制士兵的技术)相连接，显示同伴的位置、状态等可视性共有情报的系统。